Молекулярный анализ нескольких лабораторно-разработанных протоколов ОТ-ПЦР в реальном времени для выявления SARS-CoV-2 с учётом генетической изменчивости вируса в Колумбии

Пандемия COVID-19, вызванная SARS-CoV-2, стала беспрецедентной проблемой общественного здравоохранения в новейшей истории человечества. Описаны различные лабораторно-разработанные методы ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени для диагностики SARS-CoV-2, а также геномы с мутациями в участках связывания праймеров. Поэтому полногеномные данные о штаммах SARS-CoV-2, циркулирующих на местном уровне, помогают оценивать глобальную изменчивость вируса, разрабатывать и совершенствовать диагностические протоколы. Для описания генетической изменчивости геномов SARS-CoV-2 из Колумбии в участках связывания олигонуклеотидов, используемых в основных лабораторно-разработанных методах выявления вируса, образцы РНК с подтверждённым молекулярным диагнозом SARS-CoV-2 исследовали методом секвенирования нового поколения. Последовательности праймеров и зондов для 13 участков-мишеней, предложенные семью учреждениями и сведённые ВОЗ в единые рекомендации на раннем этапе пандемии, выравнивали с помощью программы MUSCLE, чтобы оценить генетическую изменчивость, потенциально способную повлиять на эффективность тестов. Для каждого гена или белкового продукта при анализе открытых рамок считывания определяли позиции кодонов, на которые приходился 3′-конец каждого праймера. Полные геномы SARS-CoV-2 получили от 30 пациентов с COVID-19, представлявших текущую эпидемиологическую ситуацию в стране. Были выявлены несовпадения как минимум одной колумбийской последовательности с пятью олигонуклеотидами, нацеленными на гены RdRP и N. У четырёх праймеров 3′-конец приходился на третью позицию кодона, для которой характерен высокий риск замены нуклеотида и потенциального несовпадения в этой критически важной позиции. В последовательностях SARS-CoV-2 из Колумбии обнаружена генетическая изменчивость в некоторых участках связывания праймеров и зондов, используемых в лабораторно-разработанных диагностических тестах, включённых в технические рекомендации ВОЗ по COVID-19. Влияние этой изменчивости на эффективность тестов и частоту ложноотрицательных результатов необходимо оценить экспериментально. Настоятельно рекомендуется вести геномный надзор за SARS-CoV-2, чтобы своевременно выявлять мутации в критически важных участках и давать рекомендации по выбору диагностических тестов, обеспечивающих выявление местных генетических вариантов.