Влияние вторичной структуры на твердотельный обмен водорода на дейтерий в модельных пептидах с α-спиральной и β-слоистой структурой

Оценивали влияние вторичной структуры пептидов на скорость и степень включения дейтерия при масс-спектрометрическом анализе твердотельного обмена водорода на дейтерий (ssHDX-MS). Неструктурированные пептиды из поли-D,L-аланина (PDLA), модельный пептид с α-спиральной структурой (пептид A) и модельный пептид с β-слоистой структурой (пептид B) совместно лиофилизировали с различными вспомогательными веществами. Структуру пептидов в растворе подтверждали методом кругового дихроизма (CD), а в твёрдой фазе — методом инфракрасной спектроскопии с преобразованием Фурье (FTIR). ssHDX-MS проводили при двух значениях относительной влажности в атмосфере D₂O — 11 и 23%; кинетику включения дейтерия отслеживали в течение 10 суток. Относительный вклад вторичной структуры пептида и взаимодействий с матрицей в включение дейтерия оценивали, сопоставляя кинетические данные ssHDX-MS для пептидов A и B с данными для PDLA сходной молекулярной массы. Результаты показали, что как вторичная структура пептида, так и его взаимодействия с твёрдой матрицей способствуют защите от обмена при проведении ssHDX-MS. Представлен метод количественного анализа и интерпретации данных, в котором число защищённых амидных связей рассчитывают как разность между максимальным включением дейтерия в растворе и в твёрдых образцах.