Титры SARS-CoV-2 в сточных водах выше, чем можно было ожидать по числу клинически подтверждённых случаев

Мониторинг сточных вод дополняет клиническое наблюдение и позволяет выявлять присутствие и распространённость новых инфекционных заболеваний, таких как коронавирусная инфекция COVID-19, вызванная SARS-CoV-2. Этот новый источник данных может повысить точность эпидемиологического моделирования и помочь оценить распространение SARS-CoV-2 в отдельных уязвимых сообществах. Мы исследовали сточные воды, собранные на крупном городском очистном сооружении в Массачусетсе, и с помощью ОТ-ПЦР обнаружили РНК SARS-CoV-2 в значительной концентрации — 57–303 копии на миллилитр сточных вод — в период с 18 по 25 марта 2020 года. Результаты подтвердили секвенированием по Сэнгеру продукта ПЦР. Наблюдавшиеся титры вируса были значительно выше ожидаемых исходя из числа клинически подтверждённых случаев в Массачусетсе по состоянию на 25 марта. Предложенный подход можно масштабировать; он может быть полезен для моделирования пандемии SARS-CoV-2 и будущих вспышек.

Мониторинг сточных вод — перспективный способ заблаговременного выявления вспышек. SARS-CoV-2 выделяется с калом на ранних стадиях заболевания и заражает значительное число людей без симптомов, что делает его подходящей мишенью для такого мониторинга. В этом исследовании мы разработали лабораторный протокол количественного определения вирусных титров в неочищенных сточных водах методом ПЦР в реальном времени и подтвердили результаты секвенированием. Полученные данные позволяют предположить, что число случаев, рассчитанное по титрам вируса в сточных водах, на порядки превышает число клинически подтверждённых случаев и поэтому может существенно повлиять на оценку летальности и динамики заболевания. Оценки распространённости инфекции на территориях, обслуживаемых канализационными сетями, могут помочь принимать решения об усилении или смягчении мер физического дистанцирования и карантина.

Значимость: Мониторинг сточных вод — перспективный способ заблаговременного выявления вспышек. SARS-CoV-2 выделяется с калом на ранних стадиях заболевания и заражает значительное число людей без симптомов, что делает его подходящей мишенью для такого мониторинга. В этом исследовании мы разработали лабораторный протокол количественного определения вирусных титров в неочищенных сточных водах методом ПЦР в реальном времени и подтвердили результаты секвенированием. Полученные данные позволяют предположить, что число случаев, рассчитанное по титрам вируса в сточных водах, на порядки превышает число клинически подтверждённых случаев и поэтому может существенно повлиять на оценку летальности и динамики заболевания. Оценки распространённости инфекции на территориях, обслуживаемых канализационными сетями, могут помочь принимать решения об усилении или смягчении мер физического дистанцирования и карантина.