Анализ состава микробиоты: обзор методов нормализации и анализа дифференциальной численности

Исследователи всё чаще выявляют связи между микробиомом и широким спектром заболеваний человека, включая ожирение, воспалительные заболевания кишечника, ВИЧ-инфекцию и другие. Первым этапом исследований ассоциаций в масштабе микробиома является характеристика состава микробиома человека в различных условиях. Определение микроорганизмов, численность которых различается в двух или более условиях, — так называемый анализ дифференциальной численности — представляет собой сложную и важную задачу, которой в последнее десятилетие уделяется значительное внимание. Хорошо известно, что наблюдаемые данные о микробиоме (таблица OTU/SV) представлены относительной численностью с избытком нулевых значений. Поскольку сумма относительных численностей постоянна, такие данные по определению являются композиционными. В этой статье рассматриваются некоторые современные методы анализа дифференциальной численности и описываются их сильные и слабые стороны.