clinker и clustermap.js: автоматическая генерация рисунков для сравнения генных кластеров
clinker & clustermap.js: automatic generation of gene cluster comparison figures
Аннотация
Сводка: Гены, участвующие в биологических путях, часто совместно локализованы в генных кластерах; их сравнение позволяет получить ценные сведения о функции генов и их эволюционной истории. Однако сравнение и визуализация сходства генных кластеров — трудоёмкий процесс, особенно при сопоставлении большого числа кластеров. В настоящей работе представлены clinker — инструмент на языке Python, и clustermap.js — вспомогательная библиотека визуализации на JavaScript. При совместном использовании они автоматически создают точные интерактивные рисунки для сравнения генных кластеров, соответствующие требованиям научных публикаций, непосредственно из файлов последовательностей.
Доступность и реализация: Исходный код и документация для clinker и clustermap.js доступны на GitHub (github.com/gamcil/clinker и github.com/gamcil/clustermap.js соответственно) на условиях лицензии MIT. clinker можно установить непосредственно из Python Package Index с помощью pip.
Дополнительная информация: Дополнительные данные доступны онлайн в журнале Bioinformatics.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.