Комплексный анализ Т-клеточной иммунодоминантности и иммунопревалентности эпитопов SARS-CoV-2 у пациентов с COVID-19

Т-клетки участвуют в контроле инфекции SARS-CoV-2. Для определения закономерностей иммунодоминантности различных антигенов SARS-CoV-2 и точной оценки специфичных к вирусу CD4+ и CD8+ Т-клеток мы изучили эпитоп-специфические Т-клеточные ответы у 99 пациентов, перенесших коронавирусную инфекцию COVID-19. Протеом SARS-CoV-2 исследовали с помощью 1925 пептидов, охватывающих весь геном, что обеспечило непредвзятый охват аллелей HLA при оценке ответов, ограниченных молекулами HLA класса II. Для HLA класса I дополнительно изучили 5600 эпитопов с прогнозируемым связыванием с 28 наиболее распространенными аллелями HLA класса I, обеспечивающими широкий глобальный охват. Мы выявили несколько сотен HLA-рестриктированных эпитопов SARS-CoV-2. Наблюдались характерные закономерности иммунодоминантности, различавшиеся для CD4+ Т-клеток, CD8+ Т-клеток и антител. Эпитопы классов I и II объединили в мегапулы эпитопов, что облегчает выявление и количественную оценку специфичных к SARS-CoV-2 CD4+ и CD8+ Т-клеток.