MEGA11: программный комплекс для анализа молекулярной эволюционной генетики, версия 11

Программный комплекс Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) пополнился обширным набором методов и инструментов вычислительной молекулярной эволюции. В этой работе описаны новые функции, расширяющие возможности MEGA для построения датированных филогенетических деревьев видов, патогенов и семейств генов с помощью быстрых методов с нестрогими молекулярными часами. Реализованы методы оценки времени дивергенции и доверительных интервалов, использующие плотности вероятности для калибровочных ограничений при датировке узлов и даты отбора последовательностей при датировке концевых таксонов. Их дополняют новые возможности добавления к последовательностям пространственно-временных данных об отборе образцов, расширенный интерактивный редактор калибровок узлов и усовершенствованный модуль визуализации датированных деревьев. Добавлен также байесовский метод оценки нейтральных эволюционных вероятностей аллелей у представителей вида по выравниваниям последовательностей нескольких видов и метод машинного обучения для проверки автокорреляции темпов эволюции в филогенетических деревьях. Благодаря переработке программы значительно снижены требования к объему памяти при анализе методом максимального правдоподобия; графический интерфейс стал быстрее реагировать на команды и удобнее работать с очень большими наборами данных. Эти усовершенствования повысят удобство работы, качество результатов и темпы биологических открытий. Версии MEGA11 с графическим интерфейсом и командной строкой, скомпилированные для Microsoft Windows, Linux и macOS, доступны на сайте www.megasoftware.net.