EzAAI: программный конвейер для высокопроизводительного расчёта средней аминокислотной идентичности прокариот

Средняя аминокислотная идентичность (AAI) — показатель попарного геномного родства, применение которого в систематике прокариот и смежных областях предложено в ряде исследований. По сравнению со средней нуклеотидной идентичностью (ANI), стандартным критерием разграничения видов, AAI позволяет точнее выявлять таксономическую структуру на уровнях выше видового. Однако для масштабных таксономических исследований пока нет эффективного и простого в использовании инструмента расчёта AAI. В этой работе представлен биоинформатический конвейер EzAAI, предназначенный для быстрого и точного расчёта AAI по последовательностям прокариот. Инструмент основан на программе MMSeqs2 и рассчитывает значения AAI, практически идентичные получаемым стандартным алгоритмом BLAST, при этом вычисления выполняются значительно быстрее. Конвейер также поддерживает иерархическую кластеризацию с построением дендрограмм — неотъемлемую часть таксономических исследований. EzAAI доступен для загрузки в виде отдельной программы на Java по адресу http://leb.snu.ac.kr/ezaai.