Перспективы и преимущества высокопроизводительного секвенирования длинных прочтений в микробной экологии

Методы высокопроизводительного секвенирования коротких прочтений позволили получить множество важных данных о микробной экологии и функционировании микроорганизмов. Однако во многих случаях такие методы неоптимальны: например, они обеспечивают недостаточное филогенетическое разрешение или низкое качество сборки геномов. Одномолекулярные и синтетические методы высокопроизводительного секвенирования длинных прочтений успешно устраняют эти ограничения. Кроме того, секвенирование нанопорами открыло ряд уникальных возможностей для анализа, включая быструю молекулярную диагностику и прямое секвенирование РНК; методы Pacific Biosciences (PacBio) и секвенирования нанопорами также позволяют выявлять эпигенетические модификации. Хотя изначально технологии секвенирования длинных прочтений отличались сравнительно низким качеством последовательностей, последние достижения значительно повысили их точность. Несмотря на существенный технический прогресс последних лет, методы высокопроизводительного секвенирования длинных прочтений (PacBio и секвенирование нанопорами) по-прежнему относительно дороги, требуют большого количества исходного материала высокого качества и часто нуждаются в специализированных решениях на разных этапах анализа. Несмотря на эти ограничения, технологии секвенирования длинных прочтений представляют собой высококачественную передовую альтернативу для проверки гипотез о структуре и функционировании микробиома, а также для сборки геномов эукариот из сложных образцов ДНК окружающей среды.