AlphaFold и его значение для внутренне неупорядоченных белков

Точные предсказания трёхмерной структуры белка по его аминокислотной последовательности стали реальностью. Метод AlphaFold, основанный на глубоком обучении, продемонстрировал высокую точность в независимых оценках. Важным этапом развития структурной биоинформатики стала структурная аннотация более 98% белковых последовательностей протеома человека. Примечательно, что во многих предсказаниях присутствуют участки с очень низкой уверенностью; в основном они совпадают с внутренне неупорядоченными областями (IDR). Данные о том, что более 30% участков протеома неупорядочены, согласуются с оценками, полученными за последние два десятилетия, в течение которых предпринимались значительные усилия по расширению парадигмы «структура—функция» с учётом роли конформационной гетерогенности и динамики. Имея структурные аннотации AlphaFold, легко поддаться искушению делать выводы о «структурах» IDR и их интерактомах. В этой статье мы предостерегаем от возможных ошибочных интерпретаций и обращаем внимание на исследования, позволяющие конкретно понять взаимосвязи «последовательность—ансамбль—функция» для IDR. Мы подчёркиваем значение IDR для взаимосвязей «последовательность—функция» (SER) и показываем, как можно количественно описать эти взаимосвязи, чтобы понять функции IDR.