Секвенирование коллекции генетических ресурсов земляники садовой выявило новое генетическое разнообразие вирусов и стало основой для разработки новых тест-систем ОТ-кПЦР

Вирусы имеют большое значение для производства земляники садовой (Fragaria × ananassa Duchesne), поскольку ослабляют растения и замедляют их рост. Образцы из Национального хранилища клоновых генетических ресурсов исследовали на наличие вирусов методом высокопроизводительного секвенирования. Анализ последовательностей 45 растений выявил различные варианты 14 известных вирусов: вируса крапчатости земляники (SMoV), вируса псевдожелтой окраски свеклы (BPYV), вируса, ассоциированного с палидозом земляники (SPaV), вируса кольцевой пятнистости томата (ToRSV), вируса слабого пожелтения краёв листьев земляники (SMYEV), вируса полосатости жилок земляники (SVBV), вируса морщинистости земляники (SCV), полеровируса земляники 1 (SPV-1), вируса мозаики яблони (ApMV), вируса хлоротичной крапчатости земляники (SCFaV), криминивируса земляники 4 (SCrV-4), криминивируса земляники 3 (SCrV-3), латентного вируса Fragaria chiloensis (FClLV) и криптического вируса Fragaria chiloensis (FCCV). Генетическое разнообразие секвенированных изолятов вирусов изучали с помощью анализа гомологии последовательностей; последовательности фрагментов геномов внесли в GenBank. Для подтверждения результатов высокопроизводительного секвенирования и расширения возможностей выявления вирусов земляники разработали новые методы количественной ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-кПЦР) для перечисленных вирусов. Дополнительная биоинформатическая и лабораторная проверка показала высокую эффективность и надёжность новых диагностических методов. Таким образом, подтверждено наличие у земляники различных вирусов, в том числе генетически дивергентных вариантов. Это первое метагеномное исследование вирусов земляники; кроме того, в работе описаны разработка и валидация нескольких методов ОТ-кПЦР для выявления вирусов земляники, которые могут стать важным инструментом программ получения безвирусного посадочного материала.