CellProfiler 4: повышение скорости, функциональности и удобства работы

Введение: Изображения содержат значительный объём информации, которую трудно оценить визуально. В связи с распространением методов высокопроизводительной микроскопии, позволяющих получать постоянно увеличивающиеся массивы данных, для эффективного извлечения биологической информации необходимо автоматизированное и объективное изучение полученных изображений. CellProfiler — бесплатная программа с открытым исходным кодом для анализа изображений, позволяющая исследователям создавать модульные конвейеры обработки микроскопических изображений с преобразованием результатов в интерпретируемые количественные показатели.

Результаты: В настоящей работе представлена новая версия программы — CellProfiler 4, функциональные возможности которой были расширены. С учётом отзывов пользователей был внесён ряд изменений в интерфейс, призванных повысить удобство работы с программой. Добавлены новые модули, расширяющие её возможности. Кроме того, была оценена производительность программы и выполнена целевая оптимизация для сокращения времени и затрат, связанных с запуском распространённых крупномасштабных конвейеров анализа.

Выводы: В сложных рабочих процессах CellProfiler 4 обеспечивает значительно более высокую производительность по сравнению с предыдущими версиями. Этот выпуск обеспечит исследователям дальнейший доступ к мощным вычислительным инструментам CellProfiler в последующие годы.