eggNOG-mapper v2: функциональная аннотация, определение ортологов и прогнозирование доменов для метагеномных данных

Автоматизированная функциональная аннотация генов — важнейший этап большинства геномных и метагеномных исследований, однако при работе с большими наборами данных она остаётся сложной задачей. В этой статье описано существенное обновление eggNOG-mapper — инструмента для функциональной аннотации на основе предварительно рассчитанных назначений ортологов, оптимизированного теперь для обработки крупных геномных и метагеномных наборов данных. В версии 2 обновлены геномные и функциональные базы данных до версий, соответствующих eggNOG v5, повышена эффективность и добавлены новые функции. В частности, eggNOG-mapper v2 теперь позволяет: 1) предсказывать гены de novo по исходным контигам; 2) определять попарную ортологию; 3) быстро находить белковые домены; 4) автоматически дополнять аннотацией файлы GFF. eggNOG-mapper v2 доступен как самостоятельный инструмент и как онлайн-сервис по адресу http://eggnog-mapper.embl.de.