Геномный отчёт: черновая сборка генома чесночницы черешковой (Alliaria petiolata) как модельной системы для изучения генетики инвазий

Генетика инвазий — быстро развивающееся направление, изучающее генетические причины и последствия биологических инвазий, однако доступно мало модельных систем, сочетающих глубокие экологические знания с геномными инструментами. В этой работе представлены de novo сборка и аннотация генома двулетнего травянистого растения Alliaria petiolata (M. Bieb.) Cavara and Grande (Brassicaceae), широко распространённого в Евразии и инвазивного на значительной части территории умеренной зоны Северной Америки. Наша цель заключалась в секвенировании и аннотации генома, который дополнил бы ресурсы, накопленные в рамках сотен опубликованных экологических исследований, глобального полевого обследования и сотен генетических линий, поддерживаемых в Германии и Канаде. Мы секвенировали генотип EFCC3-3-20, собранный в пределах нативного ареала вблизи Венеции (Италия), с использованием библиотек парно-концевого и mate-pair-секвенирования при покрытии около 70×. В результате de novo сборки получен высоконепрерывный черновой геном (N50 = 121 Мб; L50 = 2): 99,7% генома размером 1,1 Гб вошло в скаффолды длиной не менее 50 кб. Аннотированный геном содержит 64 770 предсказанных генов, включая 99% генов BUSCO растений и 98% прочтений транскриптома. В соответствии с ранее опубликованными данными об (авто)гексаплоидии в Западной Европе мы обнаружили, что почти треть генов BUSCO (390 из 1440) локализуется на двух и более скаффолдах при среднем уровне гетерозиготности по геному менее 2%. Высокая непрерывность сборки и качество ген-содержащих областей чернового генома создают возможности для молекулярных и функционально-геномных исследований A. petiolata, посвящённых вопросам генетики инвазий и стратегиям сохранения биоразнообразия.