Ресурсы базы данных PRIDE в 2022 году: центр данных протеомики на основе масс-спектрометрии

База данных идентификаций в протеомике PRIDE (PRoteomics IDEntifications; https://www.ebi.ac.uk/pride/) — крупнейший в мире репозиторий протеомических данных, полученных методом масс-спектрометрии. PRIDE — один из основателей международного консорциума ProteomeXchange (PX) и базовый ресурс данных ELIXIR. В этой статье обобщены изменения в ресурсах PRIDE и связанных с ним инструментах, произошедшие после публикации предыдущего обзора в журнале Nucleic Acids Research в 2019 году. В 2021 году в PRIDE Archive — архивный компонент PRIDE — ежемесячно поступало в среднем около 500 наборов данных. Помимо постоянного совершенствования конвейеров обработки данных и инфраструктуры PRIDE Archive, был разработан PRIDE Spectra Archive, обеспечивающий прямой доступ к представленным масс-спектрам с использованием универсальных идентификаторов спектров. Важным достижением стала разработка формата MAGE-TAB для протеомики, призванного улучшить аннотирование метаданных образцов. Кроме того, ресурс PRIDE Peptidome предоставляет доступ к агрегированным данным, подтверждающим наличие пептидов и белков, во всех материалах PRIDE Archive. Также описано, как PRIDE расширил работу по повторному использованию и распространению высококачественных протеомических данных через другие ценные ресурсы, включая UniProt, Ensembl и Expression Atlas.