Суперскреплённые пептиды: лигирование пептидов, усиленное гибридизацией, и фиксация α-спиральной конформации для аффинитетной селекции комбинаторных библиотек

Пептиды с фиксированной α-спиральной конформацией позволяют преодолеть основные ограничения при разработке коротких пептидов, направленных против белок-белковых взаимодействий. Несмотря на расширение набора методов скрепления пептидов, такие методы пока редко применяют при скрининге синтетических библиотек. Мы представляем стратегию, основанную на гибридизации коротких конъюгатов ПНК—пептид: сборка, обусловленная взаимодействием нуклеооснований, обеспечивает лигирование пептидных фрагментов и фиксирует пептид в α-спиральной конформации. С помощью нативного химического лигирования показано, что смесь пептидных фрагментов можно комбинаторно лигировать и непосредственно использовать для аффинитетной селекции против представляющей интерес мишени. Метод продемонстрирован на специализированной библиотеке, направленной против взаимодействия p53/MDM2. В результате одностадийной реакции лигирования получено 100 пептидов; после аффинитетной селекции на иммобилизованном на микросферах MDM2 наиболее прочные лиганды идентифицированы с помощью масс-спектрометрии.