Идентификация видов Fusarium по последовательностям ДНК: работа продолжается

Точная идентификация возбудителя на уровне вида имеет решающее значение для диагностики и лечения заболеваний: она позволяет соотнести возбудителя с известными сведениями о круге его хозяев, географическом распространении и способности продуцировать токсины. Особенно важна точность при публикации рецензируемых сообщений о заболеваниях, поскольку неточная или ошибочная идентификация снижает ценность общедоступной научной базы знаний. Для фитопатологов и других специалистов в прикладной биологии точная идентификация Fusarium может быть особенно сложной задачей: опубликованные и продолжающиеся исследования молекулярной систематики по нескольким локусам выявили ряд затрудняющих её обстоятельств. Наиболее существенны следующие: (i) по современным оценкам, этот важный для сельского хозяйства и медицины род включает более 400 филогенетически обособленных видов (филовидов), причём более 80% из них были выявлены за последние 25 лет; (ii) примерно треть филовидов ещё не получила официального описания; (iii) одной морфологии недостаточно, чтобы различить большинство видов; (iv) быстрое выявление новых фузариев при обследованиях на наличие патогенов и связанные с этим изменения таксономии, как ожидается, будут продолжаться в обозримом будущем. Чтобы удовлетворить острую потребность в точной идентификации патогенов, наши исследовательские группы пополняют две доступные через интернет базы данных — FUSARIUM-ID v.3.0 и нерепрезентативную коллекцию нуклеотидных последовательностей Национального центра биотехнологической информации, включающую GenBank, — фрагментами трёх филогенетически информативных генов (TEF1, RPB1 и RPB2), позволяющих разрешать виды каждого представителя рода Fusarium или почти до уровня вида. Цель этого специального сообщения и сопровождающей его статьи в этом выпуске (Torres-Cruz et al. 2022) — представить отчёт о ходе пополнения этих баз данных и изложить свод рекомендаций по идентификации фузариев на основе последовательностей ДНК.