Омикрон-вариант SARS-CoV-2: уникальные особенности и их влияние на ранее сформированные антитела

Коронавирус тяжёлого острого респираторного синдрома 2 типа (SARS-CoV-2) с момента своего первого появления в начале декабря 2019 года циркулирует в виде различных вариантов. Недавно был выявлен новый вариант, вызывающий озабоченность, — омикрон (B.1.1.529). Этот вариант содержит большое число мутаций в S-белке. В настоящее время сведения о варианте омикрон ограничены. В настоящей работе представлены анализ распределения мутаций, эволюционного родства омикрона с ранее выявленными вариантами и вероятного структурного влияния мутаций на связывание антител. Анализ показал наличие 46 мутаций, специфичных для омикрона и характеризующихся высокой распространённостью. Двадцать три из них локализованы в спайковом (S) белке, остальные — в трёх других структурных белках вируса: оболочечном (E), мембранном (M) и нуклеокапсидном (N). Филогенетический анализ показал, что омикрон наиболее близок к варианту гамма (P.1). Структурный анализ выявил локализацию нескольких мутаций в области S-белка, являющейся основной мишенью антител, что указывает на возможное влияние мутаций варианта омикрон на сродство антител к S-белку.