Прошлое, настоящее и будущее границ рода Pseudomonas: предложение выделить новый род Stutzerimonas

Pseudomonas — один из наиболее изученных родов бактерий и род с наибольшим числом видов среди грамотрицательных бактерий. Представители рода широко распространены и играют важную роль в экосистемах; некоторые виды являются комменсалами или патогенами человека, животных и растений. Цель этого краткого обзора — проследить, как менялась таксономия Pseudomonas по мере развития бактериальной систематики со времени первого описания рода в 1894 году. Рассматривается влияние последовательного внедрения новых методов на таксономию рода, а также обратное влияние таксономических исследований Pseudomonas, которые привели к появлению новых инструментов и концепций в бактериальной систематике. Современный филогеномный анализ семейства Pseudomonadaceae показывает, что значительное число видов, отнесённых к роду Pseudomonas, не образуют монофилетическую группу с P. aeruginosa — типовым видом рода, — поэтому можно ожидать пересмотра состава нескольких родов. В качестве примера представлен филогеномный анализ родов Pseudomonas, Azomonas и Azotobacter в семействе Pseudomonadaceae. Для пяти чётко очерченных филогенетических ветвей, поддерживаемых общими для каждой группы генами, предложены названия новых родов; два из них можно различить по физиологическим и экологическим характеристикам: недавно описанный род Halopseudomonas и род Stutzerimonas, предлагаемый в настоящей работе. Пять видов, ранее относившихся к Pseudomonas, перенесены в род Halopseudomonas, а десять — в род Stutzerimonas.