Патоген рыб Flavobacterium columnare включает четыре самостоятельных вида: Flavobacterium columnare, Flavobacterium covae sp. nov., Flavobacterium davisii sp. nov. и Flavobacterium oreochromis sp. nov.; исправленное описание Flavobacterium columnare

Flavobacterium columnare — возбудитель колумнариоза пресноводных рыб. Внутри этого вида выделяют четыре генетические группы, что ставит под сомнение обоснованность их объединения в один вид. В настоящем исследовании таксономический статус четырёх групп определяли с помощью многофазного таксономического и филогеномного подходов. В исследование включили по пять репрезентативных изолятов каждой группы, в том числе типовой штамм ATCC 23463, относящийся к генетической группе 1. Анализ последовательностей гена 16S рРНК показал, что идентичность последовательностей изолятов AL-02-36 (генетическая группа 2), 90-106 (генетическая группа 3) и Costa Rica 04-02-TN (генетическая группа 4) штамму F. columnare ATCC 23463 составляла менее 98,8%. Филогенетический анализ генов 16S рРНК и gyrB с применением различных методов показал, что четыре генетические группы образуют хорошо поддерживаемые и обособленные клады внутри рода Flavobacterium. Значения средней нуклеотидной идентичности (ANI) и цифровой ДНК-ДНК-гибридизации (GGDC) между F. columnare ATCC 23463 и изолятами AL-02-36, 90-106 и Costa Rica 04-02-TN составляли менее 90,84% и 42,7% соответственно. Биохимические и физиологические характеристики четырёх групп были сходными, однако выявлены количественные различия в профилях жирных кислот. При анализе методом MALDI-TOF обнаружено множество пиков, характерных для каждой генетической группы. Хемотаксономическая характеристика, анализ методом MALDI-TOF и расчёты ANI/GGDC позволили различить генетические группы и показали, что каждая из них представляет собой самостоятельный вид. Для обозначения генетических групп 2, 3 и 4 предложены названия F. covae sp. nov. (AL-02-36), F. davisii sp. nov. (90-106) и F. oreochromis sp. nov. (Costa Rica 04-02-TN) соответственно.