Пересмотр рекомендаций по описанию видов «Candidatus Phytoplasma»

Род «Phytoplasma» был предложен для бактерий без клеточной стенки, которые недостаточно охарактеризованы на молекулярном и биохимическом уровнях и заселяют флоэму растений и ткани насекомых-переносчиков. Эта предварительная классификация имеет большое значение для эпидемиологических и экологических исследований, направленных прежде всего на борьбу с тяжёлыми фитоплазменными заболеваниями растений во всём мире. В связи с выявлением всё большего молекулярного разнообразия внутри рода «Phytoplasma» рекомендации пересмотрены и уточнены. Они распространяются на штаммы видов «Phytoplasma», полные или почти полные последовательности гена 16S рРНК которых имеют идентичность более 98,65% с последовательностью референсного штамма соответствующего вида; последовательности должны быть получены при глубине покрытия не менее 2×. Штаммы, идентичность последовательностей которых с референсным штаммом составляет менее 98,65%, но превышает 98,65% по отношению к другим штаммам того же вида «Phytoplasma», следует считать родственными штаммами этого вида. В рекомендациях сохранены исходные опубликованные референсные штаммы. Однако для повышения точности отнесения к видам «Phytoplasma» в качестве альтернативы референсным штаммам предложены дополнительные штаммы. Их можно использовать, если секвенирован только участок гена 16S рРНК и/или несколько других генов либо если штамм больше недоступен для дальнейшей молекулярной характеристики. Приведены списки описанных видов «Phytoplasma» и альтернативных референсных штаммов. Для новых видов «Phytoplasma», у которых идентичность последовательностей гена 16S рРНК составляет не менее 98,65%, предложен порог средней нуклеотидной идентичности генома 95%. Если полные последовательности генома недоступны, можно использовать два консервативных гена домашнего хозяйства. Официально опубликовано 49 видов «Phytoplasma», включая описанные в этой статье «P. cocostanzaniae» и «P. palmae».