Точность структур белков в растворе, определённых с помощью AlphaFold и ЯМР

В последнем конкурсе по критической оценке предсказания структуры (CASP) AlphaFold2 показала выдающиеся результаты. Наименее точными оказались предсказания структур, определённых методом ядерного магнитного резонанса (ЯМР). Это допускает два объяснения: либо структуры ЯМР были низкого качества и AlphaFold может превосходить ЯМР по точности, либо структуры белков в кристаллах и растворе действительно различаются. Мы использовали программу ANSURR (Accuracy of NMR Structures Using RCI and Rigidity), оценивающую точность структур в растворе, и показали, что одна из структур ЯМР действительно была низкого качества. Затем мы сравнили предсказания AlphaFold со структурами ЯМР и установили, что предсказанные AlphaFold структуры, как правило, точнее ансамблей ЯМР. Однако в некоторых случаях более точными оказывались ансамбли ЯМР. Обычно это были динамичные структуры, для которых уверенность AlphaFold была низкой. Мы предполагаем, что AlphaFold можно использовать в качестве модели при уточнении структур ЯМР, а структуры AlphaFold, прошедшие проверку с помощью ANSURR, могут не нуждаться в дополнительном уточнении.