Хромосомная сборка генома штамма Helicoverpa zea, устойчивого к инсектицидному белку Cry1Ac бактерии Bacillus thuringiensis

Helicoverpa zea (Lepidoptera: Noctuidae) — вредитель основных сельскохозяйственных культур Северной и Южной Америки. Этот вид адаптировался к различным растениям-хозяевам и приобрёл устойчивость к нескольким инсектицидным средствам, включая инсектицидные белки Bacillus thuringiensis (Bt), используемые в трансгенных сортах хлопчатника и кукурузы. Популяции Helicoverpa zea сохраняются круглый год в тропических и субтропических регионах, однако сезонные миграции в зоны умеренного климата расширяют географический ареал связанного с этим ущерба сельскохозяйственным культурам. Для более глубокого изучения генетической основы этих физиологических и экологических особенностей мы создали высококачественную сборку генома на хромосомном уровне для одного самца H. zea из устойчивого к Bt штамма HzStark_Cry1AcR. С помощью данных Hi-C исходную сборку контигов размером 375,2 Mb объединили в 30 аутосом и половую Z-хромосому (N50 скаффолдов = 12,8 Mb, L50 = 14). Полученную сборку скаффолдов скорректировали с использованием нового программного конвейера polishCLR. Митохондриальный геном собрали с помощью усовершенствованного конвейера и аннотировали. Оценка сборки показала, что 98,8% набора эталонных универсальных однокопийных ортологов чешуекрылых представлены полностью, причём 98,5% — в единственной копии. Повторяющиеся элементы составляли около 29,5% сборки; наибольшую долю среди них (11,2%) составляли ретроэлементы. Эта референсная сборка генома H. zea на хромосомном уровне, ilHelZeax1.1, будет способствовать дальнейшим исследованиям, направленным на оценку и совершенствование устойчивых методов производства сельскохозяйственной продукции.