Уробиом почечной лоханки у пациентов с односторонним нефролитиазом по данным 2bRAD-M

Введение: Патогенез мочекаменной болезни (МКБ) изучен не полностью, и возможные факторы, способствующие её развитию, требуют дальнейшего изучения. В нескольких исследованиях с использованием секвенирования гена 16S рРНК показано, что микробиом мочи (уробиом) у пациентов с камнями отличается от уробиома здоровых людей. Однако эти методы чаще всего позволяли идентифицировать микроорганизмы только до уровня рода. Новый метод секвенирования микробиома 2bRAD-M обеспечивает точную характеристику микробиома с низкой биомассой на видовом уровне. Целью исследования было с помощью 2bRAD-M изучить уробиом почечной лоханки у пациентов с односторонними камнями и сравнить уробиом на стороне с камнем и без него.

Методы: В исследование включили 30 пациентов с односторонними камнями; у каждого собрали мочу из почечных лоханок с обеих сторон. Уретероскоп вводили в почечную лоханку на стороне с камнем, а через него проводили мочеточниковый катетер для сбора мочи. Затем с использованием новых инструментов процедуру повторяли для сбора мочи с противоположной стороны. С помощью 2bRAD-M исследовали уробиом почечных лоханок, чтобы выявить различия между сторонами с камнем и без него.

Результаты: Состав микробного сообщества на стороне с камнем был сходен с таковым на стороне без камня. Парное сравнение показало, что на стороне с камнем была выше представленность Corynebacterium и ниже — Prevotella и Lactobacillus. Четыре вида — Prevotella bivia, Lactobacillus iners, Corynebacterium aurimucosum и Pseudomonas sp_286 — чаще встречались на стороне без камня. Кроме того, анализом размера эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) выявлено 24 таксона, различавшихся между группами. Корреляционный анализ выявил многочисленные тесные связи между родами и видами. На основе видов с повышенной представленностью построили классификатор случайного леса, который различал сторону с камнем и без него с точностью 71,2%.

Выводы: Первое исследование микробиома методом 2bRAD-M указывает на возможную роль дисбиоза мочи при МКБ и помогает лучше понять механизм образования камней.