База данных STRING в 2023 году: сети взаимодействий белков и анализ функционального обогащения для любого представляющего интерес секвенированного генома

Значительная часть сложности клеточной организации обусловлена функциональными и регуляторными взаимодействиями между белками. Основные из этих взаимодействий уже хорошо изучены, однако продолжают выявляться новые, а сведения о них по-прежнему разбросаны по различным базам данных, экспериментальным методам и уровням детализации молекулярных механизмов. База данных STRING (https://string-db.org/) систематически собирает и интегрирует данные о взаимодействиях между белками, включая как физические взаимодействия, так и функциональные ассоциации. Данные поступают из нескольких источников: автоматического текстового анализа научной литературы, вычислительного прогнозирования взаимодействий на основе коэкспрессии и консервативного геномного контекста, баз данных экспериментов по изучению взаимодействий, а также курируемых источников, содержащих сведения об известных комплексах и сигнальных путях. Все взаимодействия проходят критическую оценку и получают количественную оценку достоверности, после чего автоматически переносятся на менее изученные организмы с использованием иерархической информации об ортологии. Доступ к данным можно получить через веб-сайт, программно или посредством массовой загрузки. Последние изменения в STRING (версия 12.0) включают следующие возможности: (i) создание, просмотр и анализ полной сети взаимодействий для любого нового представляющего интерес генома после загрузки набора кодируемых им белков; (ii) в модуле коэкспрессии для прогнозирования взаимодействий теперь используются вариационные автокодировщики, а сам модуль дополнен двумя новыми источниками данных — одноклеточным RNA-seq и данными экспериментальной протеомики; (iii) достоверность каждого взаимодействия, выявленного экспериментально, теперь оценивается с учётом использованного метода обнаружения и сообщается пользователю через веб-интерфейс. Кроме того, STRING продолжает совершенствовать инструменты анализа функционального обогащения, которые теперь полностью доступны и для геномов, загруженных пользователями.