phytools 2.0: обновлённая среда R для сравнительных филогенетических методов (и не только)

Сравнительные филогенетические методы — это общий подход к использованию оцененного филогенетического дерева (или набора деревьев) для получения вторичных выводов: об эволюции признаков, динамике диверсификации, биогеографии, экологии сообществ и широком спектре других явлений и процессов. За последние примерно десять лет пакет R phytools вырос и стал важным исследовательским инструментом для сравнительного филогенетического анализа; это разнообразная подключаемая библиотека R, которая теперь включает сотни различных функций, охватывающих широкий круг методов и задач в филогенетической биологии. На момент написания статьи пакет поддерживал подгонку моделей эволюции признаков, реконструкцию предковых состояний, изучение диверсификации на деревьях, визуализацию филогений, сравнительных данных и подогнанных моделей, а также множество других задач, связанных с филогенетической биологией. Здесь я описываю некоторые значимые возможности и недавние обновления phytools, а также иллюстрирую несколько популярных рабочих процессов использования этого программного обеспечения.