TreeViewer: гибкое модульное программное обеспечение для визуализации и обработки филогенетических деревьев

Филогенетические деревья отображают эволюционные связи между таксонами или генами. Изображения деревьев имеют ключевое значение при представлении результатов и данных: создавая ясные и информативные визуализации, исследователи могут описывать различные закономерности эволюции. Однако построение изображений деревьев может занимать много времени, особенно поскольку для настройки и отображения всех связанных с деревом данных часто требуется несколько разных программ. Мы представляем TreeViewer — новое программное обеспечение для построения филогенетических деревьев. TreeViewer отличается гибкостью, модульностью и удобством использования. Изображения создаются в соответствии с заданным пользователем конвейером обработки, который можно детально настраивать и легко применять к разным деревьям. Полная документация по всем функциям программы доступна в онлайн-руководстве и непосредственно в интерфейсе программы. Мы показываем, как с помощью TreeViewer создавать готовые к публикации изображения, экономя время и не прибегая к дополнительным графическим инструментам постобработки. TreeViewer бесплатно доступен для операционных систем Windows, macOS и Linux и распространяется по лицензии AGPLv3 с сайта https://treeviewer.org. Программа имеет графический интерфейс пользователя (GUI), а также интерфейс командной строки, удобный для работы с очень большими деревьями и автоматизированными конвейерами обработки. Также доступно подробное руководство пользователя с примерами и учебными материалами. TreeViewer предназначен прежде всего для пользователей, которым необходимо создавать высококастомизированные изображения филогенетических деревьев, отвечающие требованиям публикации, с помощью одного программного инструмента с графическим интерфейсом. По сравнению с другими инструментами с графическим интерфейсом TreeViewer предлагает более широкий набор функций и более тонкие возможности настройки. По сравнению с инструментами и библиотеками программного обеспечения, основанными на командной строке, графический интерфейс TreeViewer доступнее для пользователей. Гибкий подход TreeViewer к построению изображений филогенетических деревьев позволяет создавать самые разные изображения, готовые к публикации. Пользователям предлагается создавать собственные модули для расширения функциональности программы. Это создаёт основу для постоянно развивающейся и адаптирующейся программной платформы, способной легко реагировать на новые задачи.