Диффузия пептидов в биомолекулярных конденсатах

Диффузия определяет обмен биомолекул в конденсатах, образованных в результате жидкость–жидкостного фазового разделения. Мы оценивали среднеквадратичное смещение и, соответственно, коэффициент диффузии в простых модельных системах пептидов GGGGG, GGQGG и GGVGG в водных растворах после фазового разделения с помощью моделирования на атомарном уровне. Эти растворы легко разделяются на водную фазу и капельную фазу, обогащённую пептидами. Мы изучили влияние нахождения пептидов в растворённом состоянии, на поверхности или внутри капли на коэффициенты их диффузии. Было установлено, что в этих системах на диффузию пептидов и обмен молекул в конденсатах влияют как последовательность, так и распределение конформаций пептидов, причём последовательность определяет величину различий сильнее. В богатой пептидами фазе наиболее компактные структуры каждого пептида диффундировали быстрее всего. Полученные результаты моделирования могут иметь значение для динамики обмена молекул в сигнальных системах.