Выявление генов-хабов, общих для псориаза и рака, методом биоинформатического анализа

Псориаз повышает риск развития различных видов рака, включая рак ободочной кишки. Патогенез сочетанного возникновения псориаза и рака пока неясен. Целью настоящего исследования был анализ патогенеза сочетания псориаза и рака с помощью биоинформатических методов. Данные о тканях кожи при псориазе (GSE117239) и тканях кишечника при раке ободочной кишки (GSE44076) были загружены из базы данных GEO. С использованием пакета limma в R и метода анализа взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA) были выявлены соответственно 1296 общих дифференциально экспрессируемых генов и 688 общих генов, связанных с псориазом и раком ободочной кишки. Результаты анализа обогащения по терминам GO и путям KEGG преимущественно были связаны с биологическими процессами клеточного цикла. Были отобраны 13 генов-хабов: AURKA, DLGAP5, NCAPG, CCNB1, NDC80, BUB1B, TTK, CCNB2, AURKB, TOP2A, ASPM, BUB1 и KIF20A. Эти гены-хабы обладали высокой диагностической ценностью, а большинство из них положительно коррелировало с активированными CD4+ T-клетками. Кроме того, были предсказаны три ключевых транскрипционных фактора: E2F1, E2F3 и BRCA1. Экспрессия этих генов-хабов и ключевых транскрипционных факторов была повышена при различных видах рака. Также были предсказаны 251 лекарственный препарат, некоторые из которых совпадали с уже применяемыми препаратами для лечения псориаза или рака ободочной кишки. В результате биоинформатического анализа были выявлены некоторые генетические механизмы, связывающие псориаз и рак. Эти гены-хабы, ключевые транскрипционные факторы и предсказанные препараты могут дать новые направления для дальнейшего изучения механизмов заболевания и его лечения.