Исследование эндогенных вирусов растений земляники

Эндогенные вирусные элементы (ЭВЭ) широко распространены в геномах эукариот и тесно связаны с ростом, развитием, генетическими особенностями, адаптацией и эволюцией организмов-хозяев. В этом исследовании эндогенные вирусные последовательности в геномах видов рода Fragaria выявляли двумя методами: поиском гомологичных последовательностей и выравниванием геномов. В геномах Fragaria обнаружено большое количество эндогенных параретровирусов (ЭПРВ): 786 последовательностей, относящихся к пяти известным таксонам, включая Caulimovirus, а также к другим неклассифицированным таксонам. Результаты двух методов различались: поиск гомологичных последовательностей выявил больше ЭПРВ, тогда как выравнивание геномов позволило обнаружить вирусоподобные последовательности разных типов и происхождения. Кроме того, при выравнивании геномов у F. chiloensis выявлена последовательность длиной 267 п. н. со сходством 95% с геном белка, участвующего в передаче тлями вируса жилковой полосчатости земляники (Caulimovirus venafragariae); вероятно, она недавно встроилась в геном. Статистический анализ результатов выравнивания геномов показал, что у полиплоидных видов земляники вирусоподобные последовательности встречаются значительно чаще, чем у диплоидных. Различия в наборе вирусоподобных последовательностей обнаружены также между видами Fragaria и их близкими родственниками. Результаты расширяют представления о разнообразии вирусов, поражающих землянику, и закладывают теоретическую основу для дальнейшего изучения происхождения эндогенных вирусов в геноме земляники, взаимодействия вирусов с хозяином, адаптации, эволюции и функций этих элементов.