Геномные характеристики черных грибов, ассоциированных с лишайниками

Лишайники представляют собой взаимовыгодные ассоциации, состоящие из основного гриба-хозяина и одного или нескольких основных фототрофных симбионтов — обычно зеленой водоросли и/или цианобактерии. Они образуют сложные структуры слоевища, в которых создаются уникальные и стабильные местообитания для множества других микроорганизмов. Из лишайников часто выделяют так называемые черные грибы, или черные дрожжи, отличающиеся преимущественно меланизированными клеточными стенками и способностью жить в экстремальных условиях. Пока неясно, как эти грибы взаимодействуют с другими участниками лишайникового симбиоза. Геномные данные о черных грибах, ассоциированных с лишайниками, необходимы для лучшего понимания их физиологического потенциала и сложности сообщества организмов, населяющих лишайник. В этой работе представлены высококачественные геномы 14 линий черных грибов, выделенных из лишайников рода Umbilicaria, обитающих на скалах. Девять линий относятся к классу Eurotiomycetes (порядок Chaetothyriales), четыре — к классу Dothideomycetes и одна — к классу Arthoniomycetes; для последнего это первый опубликованный геном черного гриба. Сборки, полученные с помощью PacBio, отличаются высокой непрерывностью: от 5 до 42 контигов на геном, среднее покрытие — от 79 до 502, N50 — от 1,0 до 7,3 млн пар оснований. Полнота по BUSCO в целом составляет не менее 95,4%. У большинства контигов на концах обнаружены теломерные последовательности, что указывает на получение сборок, близких к хромосомному уровню. Размеры геномов составляют от 26 до 44 Мб. Аннотация на основе данных транскриптома выявила примерно 11 000–18 000 генов в каждом геноме. Состав геномов проанализировали с точки зрения наличия повторных элементов, генов биосинтеза и эффекторных генов. В каждом геноме обнаружен ген поликетидсинтазы, связанный с путем синтеза дигидроксинафталинового меланина. Работа позволяет лучше понять состав геномов и метаболический потенциал этих малоизученных, но часто встречающихся обитателей лишайников.