Малые РНК, ассоциированные с ProQ, регулируют подвижность Vibrio cholerae

Посттранскрипционная регуляция экспрессии генов широко распространена во всех доменах жизни. У бактерий белки семейства ProQ оказались важными РНК-шаперонами, участвующими в поддержании стабильности РНК и образовании дуплексов РНК. У важнейшего патогена человека Vibrio cholerae посттранскрипционная регуляция экспрессии генов имеет ключевое значение для вирулентности, формирования биоплёнок и устойчивости к антибиотикам, однако роль ProQ ранее не изучалась. Мы показали, что ProQ взаимодействует с сотнями транскриптов V. cholerae, включая высокоактивную малую РНК FlaX. Глобальный анализ образования дуплексов РНК с помощью метода RIL-Seq (RNA interaction by ligation and sequencing — анализ взаимодействий РНК методом лигирования и секвенирования) выявил обширную сеть взаимодействий, опосредованных ProQ, и продемонстрировал роль FlaX в регуляции подвижности. В частности, FlaX образует комплементарные пары с несколькими участками мРНК флагеллина flaB, препятствуя связыванию 30S-субъединицы рибосомы и инициации трансляции. У клеток V. cholerae, лишённых flaX, нарушается экспрессия генов подвижности, изменяется состав жгутиков и снижается плавательная активность в жидкой среде. Полученные результаты дают глобальное представление об образовании дуплексов РНК при участии ProQ и раскрывают механистические и фенотипические последствия, связанные с малыми РНК, ассоциированными с ProQ, у V. cholerae.