Переосмысление факторов вирулентности и патогенеза коронавирусов: к пониманию динамичного мира мутаций, вставок, делеций и рекомбинаций у альфакоронавирусов

Альфакоронавирусы широко распространены, однако изучены значительно хуже бетакоронавирусов. К альфакоронавирусам относится вид Alphacoronavirus-1, включающий отдельные вирусы кошек, собак и свиней, а также отдельный вид, инфицирующий куньих, и другие родственные вирусы свиней и циркулирующие среди людей вирусы. Высокопатогенный кошачий коронавирус (FCoV) известен как возбудитель инфекционного перитонита кошек (FIP); он представлен двумя различными генотипами — типами 1 и 2 — и передаётся в низкопатогенной форме. Высокопатогенные варианты возникают у инфицированных FCoV кошек; хотя ответственные за это мутации остаются неясными, основным фактором считается спайковый гликопротеин. Исход заболевания, вызываемого FCoV-1, определяется сочетанием внутрихозяинной и межхозяинной эволюции. Вирулентность в значительной степени объясняется «гипотезой внутренних мутаций», согласно которой у отдельных кошек отбираются высокопатогенные, но плохо передающиеся варианты. Коронавирусы собак обычно считают низкопатогенными, однако они могут вызывать тяжёлый энтерит и системную инфекцию. Примечательно, что ген спайкового белка коронавируса собак периодически рекомбинирует с FCoV-1, образуя FCoV-2; примером служит FCoV-23, вызвавший широкое распространение инфекционного перитонита кошек на Кипре и отличающийся заметно укороченным N-концевым доменом (NTD) спайкового белка. У свиней коронавирусы часто вызывают тяжёлые заболевания желудочно-кишечного тракта, но могут приобретать респираторный тропизм и низкую патогенность вследствие того, что также можно рассматривать как «внутреннюю делецию» N-концевого домена спайкового белка. Эти вирусы могут существовать как динамичный «метавиром» — совокупность всех вирусных геномов, присутствующих в образце, — который постоянно меняется, создавая значительные трудности для эпидемиологического надзора и контроля инфекций.