RIL-seq в макрофагах выявляет малую РНК — антагонист ассоциированной с вирулентностью Salmonella малой РНК PinT

Вирулентность Salmonella главным образом определяется двумя основными островами патогенности — SPI-1 и SPI-2, которые обеспечивают соответственно инвазию клеток хозяина и внутриклеточное выживание. Накопленные данные свидетельствуют о посттранскрипционном контроле экспрессии генов SPI с помощью малых регуляторных РНК (sRNA), зависимых от Hfq, таких как PinT. Эта 80-нуклеотидная малая РНК активно экспрессируется после проникновения Salmonella в клетки хозяина и регулирует переход от программы SPI-1 к программе SPI-2, взаимодействуя с мРНК различных факторов вирулентности. Однако до сих пор оставалось неясным, каким образом активность PinT может подавляться, когда необходимо снять репрессию генов вирулентности. В настоящей работе с помощью оптимизированного варианта RIL-seq охарактеризовали интерактом РНК Salmonella, выделенной из инфицированных макрофагов. Помимо беспрецедентной возможности изучить взаимодействия РНК, опосредованные Hfq, на внутриклеточном этапе инфекции Salmonella, метод RIL-seq выявил ранее описанную малую РНК InvS, происходящую из 3'-конца, как прямой негативный регулятор PinT. Биохимические и генетические эксперименты указывают на механизм молекулярной приманки, посредством которого InvS снимает репрессию мишеней, опосредованную PinT. Кроме того, InvS репрессирует мРНК белка адгезии MipA, а взаимодействие PinT с InvS снимает репрессию mipA. Таким образом, в работе выявлена пара антагонистических малых РНК, входящих в расширяющуюся посттранскрипционную сеть регуляции генов вирулентности.