Исландский пангеномный референс

Референсное смещение — проблема, затрагивающая большинство геномных исследований, в которых короткие чтения картируют на референсный геном. Его можно уменьшить, картируя чтения на несколько гаплотипов, представленных в пангеноме. Здесь мы представляем два новых метода для устранения референсного смещения: Emblask для построения пангенома и Weaver для масштабного картирования на пангеномы. Emblask представляет собой гибридный конвейер сборки двух гаплотипов с разрешением по гаплотипам на основе длинных и коротких чтений для данных трио «родитель—потомок». С помощью Emblask мы собрали 698 исландских гаплотипов и добавили их к пангеному Human Pangenome Reference Consortium (HPRC), создав исландский пангеномный референс (HPRC-ICE), включающий 51,41 млн малых вариантов. С помощью Weaver мы картировали короткие чтения 57 630 исландцев на HPRC-ICE и выявили 98,96 млн вариантов — на 6,17% больше, чем при картировании на линейный референс. В низкомаппируемых регионах были обнаружены новые варианты, в том числе патогенный однонуклеотидный полиморфизм (SNP) в GBA1, ассоциированный с ранним началом болезни Паркинсона, и миссенс-SNP в CBS, патогенный при гомоцистинурии. Связь варианта GBA1 с заболеванием была воспроизведена в UK Biobank при целевом перемаппинге 429 193 участников из Великобритании и Ирландии.1,23–546