Геномная дактилоскопия методом амплификации с помощью полимеразной цепной реакции с праймерами, якоренными на простых последовательностных повторах

Простые последовательностные повторы (SSR), или микросателлиты, широко распространены в геномах эукариот. Мы демонстрируем возможность геномной дактилоскопии, направленной на микросателлиты, с помощью амплификации межповторного участка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Для конструирования олигонуклеотидных праймеров секвенирование не требуется. Мы испытали праймеры, якоренные на 3'- или 5'-концах повторов (CA)n и продолженные во фланкирующую последовательность на 2–4 нуклеотида [праймеры, якоренные на 3'-конце: (CA)8RG, (CA)8RY и (CA)7RTCY; праймеры, якоренные на 5'-конце: BDB(CA)7C, DBDA(CA)7, VHVG(TG)7 и HVH(TG)7T]. Радиоактивно меченные продукты амплификации анализировали методом электрофореза, что позволяло получать информацию о множественных локусах генома в одной дорожке геля. У представителей различных таксонов эукариот выявлялись сложные видоспецифические профили. Также наблюдались внутривидовые полиморфизмы, которые наследовались как менделевские маркеры. ПЦР межмикросателлитных участков представляет собой новый подход к геномной дактилоскопии, применимый для таксономического и филогенетического сравнения, а также для картирования у широкого круга организмов. Этот подход с использованием повторов (CA)n может быть распространён на другие микросателлиты и иные распространённые диспергированные элементы.