Два дивергентных внутригеномных типа ITS2 рДНК в пределах монофилетической линии гриба Fusarium не являются ортологичными

Эволюционную историю фитопатогенного комплекса Gibberella fujikuroi рода Fusarium и родственных видов исследовали с помощью кладистического анализа последовательностей ДНК, полученных из нескольких несцепленных локусов. Филогенетические деревья, построенные по рДНК малой субъединицы митохондрий (mtSSU), ядерной рДНК 28S и гену β-тубулина, в целом совпадали, что обеспечило убедительное подтверждение полностью разрешённой филогении всех биологических и большинства морфологических видов. Несоответствие филогенетического дерева ядерной рДНК внутреннего транскрибируемого спейсера 2 (ITS2) обусловлено паралогичными или ксенологичными последовательностями ITS2. ПЦР и секвенирование показали, что каждый исследованный штамм видов, входящих в изучаемую группу, содержит два резко различающихся неортологичных типа ITS2 — тип I и тип II. Однако при прямой амплификации и секвенировании продуктов ПЦР с консервативными праймерами выявляется только основной тип ITS2. Минорный тип ITS2 удалось выявить с помощью типоспецифичных праймеров. Распределение основного типа ITS2 в пределах видовых линий имеет гомоплазийный характер, что маскирует истинные филогенетические связи. Полученные результаты позволяют предположить, что предковые типы ITS2 возникли вследствие древней межвидовой гибридизации или дупликации гена, произошедшей до эволюционной радиации комплекса Gibberella fujikuroi и родственных видов Fusarium. Результаты также свидетельствуют о том, что существующие таксономические схемы этих грибов, основанные на морфологических признаках, искусственны и требуют замены новой классификацией.