BLAST с пропусками и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска в базах данных белков

Программы BLAST широко используются для поиска сходства последовательностей в базах данных белков и ДНК. При сравнении белковых последовательностей ряд описанных здесь уточнений определений, алгоритмов и статистических методов позволяет существенно сократить время выполнения программ BLAST и одновременно повысить их чувствительность к слабым сходствам. Новый критерий запуска расширения совпадений коротких слов в сочетании с новой эвристикой построения выравниваний с пропусками позволил создать программу BLAST с пропусками, работающую примерно втрое быстрее исходной версии. Кроме того, предложен метод автоматического объединения статистически значимых выравниваний, полученных с помощью BLAST, в позиционно-специфическую матрицу оценок с последующим поиском в базе данных по этой матрице. Программа PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST, позиционно-специфический итеративный BLAST) при каждой итерации работает примерно с той же скоростью, что и BLAST с пропусками, но во многих случаях обладает значительно большей чувствительностью к слабым, однако биологически значимым сходствам последовательностей. С помощью PSI-BLAST выявлены несколько новых и представляющих интерес членов надсемейства BRCT.