Новый статистический метод реконструкции гаплотипов по данным популяционного исследования

Стандартные методы генотипирования обычно не позволяют получить информацию о гаплотипах, необходимую для многих видов анализа молекулярно-генетических данных высокого разрешения. Гаплотипы можно определить экспериментально, что требует значительных затрат, или частично восстановить путем генотипирования дополнительных членов семьи. Другой подход заключается в статистическом определении фазы и реконструкции гаплотипов. Мы представляем новый статистический метод, применимый к данным о генотипах сцепленных локусов в популяционной выборке и значительно превосходящий современные алгоритмы: по сравнению с ближайшим конкурентом частота ошибок нередко снижается более чем на 50%. Кроме того, наш алгоритм демонстрирует высокую абсолютную точность, что позволяет предположить: экспериментальная реконструкция гаплотипов или генотипирование дополнительных членов семьи может быть неэффективным использованием ресурсов.