MUSCLE: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью

Описана новая компьютерная программа MUSCLE для создания множественных выравниваний белковых последовательностей. Алгоритм включает быструю оценку расстояний с использованием подсчёта k-меров, прогрессивное выравнивание с применением новой функции профиля, названной оценкой логарифмического ожидания, и уточнение с помощью ограниченного разбиения, зависящего от дерева. Скорость и точность MUSCLE сравнили с показателями T-Coffee, MAFFT и CLUSTALW на четырёх тестовых наборах эталонных выравниваний: BAliBASE, SABmark, SMART и новом наборе PREFAB. На каждом из этих наборов MUSCLE занял первое место по точности или разделил его с другим методом. Без этапа уточнения средняя точность MUSCLE статистически не отличалась от точности T-Coffee и MAFFT, при этом при работе с большим числом последовательностей он оказался самым быстрым среди протестированных методов: 5000 последовательностей средней длиной 350 были выровнены за 7 мин на современном настольном компьютере. Программа MUSCLE, её исходный код и тестовые данные PREFAB находятся в свободном доступе по адресу http://www.drive5.com/muscle.