CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счёт взвешивания последовательностей, позиционно-специфичных штрафов за пропуски и выбора матрицы замен

Чувствительность широко используемого метода прогрессивного множественного выравнивания значительно повышена для выравнивания расходящихся белковых последовательностей. Во-первых, каждой последовательности в частичном выравнивании присваивается индивидуальный вес: вес почти идентичных последовательностей уменьшается, а наиболее дивергентных — увеличивается. Во-вторых, на разных этапах выравнивания используются различные матрицы замен аминокислот в зависимости от степени дивергенции выравниваемых последовательностей. В-третьих, штрафы за пропуски, зависящие от аминокислотного остатка, и локальное снижение этих штрафов в гидрофильных областях способствуют появлению новых пропусков в вероятных петлевых участках, а не в областях регулярной вторичной структуры. В-четвёртых, для позиций ранних выравниваний, в которых были открыты пропуски, локально снижаются штрафы за пропуски, что способствует открытию новых пропусков в этих позициях. Эти изменения реализованы в новой программе CLUSTAL W, которая доступна бесплатно.