Группоспецифичные наборы праймеров и зондов для выявления метаногенных сообществ с помощью количественной ПЦР в реальном времени

Количественная полимеразная цепная реакция (ПЦР) в реальном времени — высокочувствительный метод выявления и количественной оценки микробных популяций без их культивирования в анаэробных процессах и образцах окружающей среды. Целью настоящей работы была разработка наборов праймеров и зондов для выявления метаногенов методом ПЦР в реальном времени с использованием системы TaqMan. Были разработаны шесть группоспецифичных наборов праймеров и зондов для метаногенов. Эти наборы позволяют раздельно выявлять представителей четырех порядков (Methanococcales, Methanobacteriales, Methanomicrobiales и Methanosarcinales), а также двух семейств (Methanosarcinaceae и Methanosaetaceae) порядка Methanosarcinales. Кроме того, были разработаны универсальные наборы праймеров и зондов, специфично выявляющие 16S рДНК прокариот, а также представителей доменов Bacteria и Archaea; эти наборы полностью совместимы с системой ПЦР в реальном времени TaqMan. Специфичность каждого набора праймеров и зондов к целевой группе экспериментально подтверждена при исследовании ДНК, выделенной из 28 культур архей, и анализе потенциальных ложных результатов. В целом каждый набор праймеров и зондов обладал высокой специфичностью к целевой группе. Разработанные в настоящем исследовании наборы можно использовать для выявления и количественной оценки метаногенных групп на уровне порядка (на уровне семейства для Methanosarcinales) в анаэробных биологических процессах и различных объектах окружающей среды.