Широкореактивная одностадийная ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени для быстрого и чувствительного выявления вируса гепатита Е

Вирус гепатита Е (ВГЕ) передаётся фекально-оральным путём и вызывает спорадические случаи острого гепатита и эпидемические вспышки. Крупные водные эпидемии ВГЕ регистрировались исключительно в развивающихся странах. Во всём мире описано не менее четырёх основных генотипов ВГЕ: генотип 1 (преимущественно в странах Азии), генотип 2 (выделен во время единственной вспышки в Мексике), генотип 3 (обнаружен у свиней и людей в США и многих других странах) и генотип 4 (обнаружен у людей, свиней и других животных в Азии). Для более эффективного выявления и количественного определения различных штаммов ВГЕ в клинических образцах и образцах окружающей среды разработан быстрый и чувствительный метод ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени для выявления РНК ВГЕ. Праймеры и зонды для ПЦР в реальном времени подобрали на основе множественного выравнивания 27 последовательностей области ORF3. Для стандартизации метода использовали 13 изолятов ВГЕ, представляющих генотипы 1–4. Метод TaqMan выявлял всего четыре копии геномного эквивалента (GE) плазмидной ДНК ВГЕ и всего 0,12 50%-ной инфицирующей дозы для свиней (PID50). Различные концентрации ВГЕ свиней (120–1,2 PID50), добавленные в концентрат поверхностной воды, выявлялись методом ПЦР в реальном времени. Это первое сообщение о методе ОТ-ПЦР TaqMan с широкой реактивностью для выявления ВГЕ в клинических образцах и образцах окружающей среды.