Полногеномная идентификация и тестирование высококачественных референсных генов для нормализации транскриптов у Arabidopsis

Гены, транскрипты которых сохраняют постоянный уровень в процессе развития и под воздействием факторов внешней среды, необходимы для точного анализа экспрессии генов, например методом РНК-гель-блоттинга или количественной полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). Исключительно большой массив данных, полученных в исследованиях с использованием полногеномных микрочипов Affymetrix ATH1 GeneChip, позволил выявить новое поколение референсных генов с очень стабильным уровнем экспрессии у модельного растения Arabidopsis (Arabidopsis thaliana). Были обнаружены сотни генов Arabidopsis, превосходящих традиционные референсные гены по стабильности экспрессии в процессе развития и в широком диапазоне условий внешней среды. Большинство из них экспрессировалось на значительно более низком уровне, чем традиционные референсные гены, что делает их особенно подходящими для нормализации экспрессии генов в широком диапазоне уровней транскриптов. Для 22 генов разработали специфичные и эффективные праймеры и протестировали их на разнообразной панели из 20 образцов кДНК. Количественная ОТ-ПЦР подтвердила более высокую стабильность экспрессии и более низкие абсолютные уровни экспрессии многих из этих генов, включая гены субъединицы протеинфосфатазы 2A, субъединицы коатомера и убиквитин-конъюгирующего фермента. Разработанные праймеры для ПЦР или гибридизационные зонды к новым референсным генам в дальнейшем позволят более качественно нормализовать и количественно оценивать уровни транскриптов у Arabidopsis.