Целостность РНК и ее влияние на результаты количественной ОТ-ПЦР в реальном времени

Оценка целостности РНК — важнейший первый этап получения достоверных данных об экспрессии генов. Работа с РНК низкого качества может существенно исказить результаты последующих исследований, которые зачастую требуют значительных затрат труда, времени и средств. Использование интактной РНК — ключевое условие успешного применения современных методов молекулярной биологии, таких как количественная ОТ-ПЦР в реальном времени и микроматричный анализ. В настоящее время для оценки качества РНК доступны автоматизированные системы капиллярного электрофореза, которые постепенно становятся стандартом такой оценки. Получаемые профили позволяют определить концентрацию РНК, визуально оценить ее целостность и рассчитать приблизительное соотношение массы рибосомных субъединиц. В настоящем обзоре изучено значение качества РНК для количественной ОТ-ПЦР в реальном времени путем оценки качества РНК, выделенной из различных тканей крупного рогатого скота и клеточных культур. Описаны и сопоставлены независимые системы анализа: измерение оптической плотности, NanoDrop, Bioanalyzer 2100 и Experion. На примере различных тканей и клеточных культур показаны преимущества и недостатки методов оценки количества и качества РНК. Кроме того, описаны взаимосвязи между общей целостностью РНК, характеристиками ПЦР и ее эффективностью. Полученные результаты позволяют утверждать, что целостность РНК влияет на результаты количественной ОТ-ПЦР в реальном времени, тогда как эффективность ПЦР в целом от нее не зависит. Для последующих исследований можно рекомендовать индекс целостности РНК (RIN) выше 5 как показатель хорошего качества тотальной РНК, а выше 8 — как показатель ее отличного качества.