Полногеномный анализ экспрессии генов в медиальной и латеральной частях чёрной субстанции при болезни Паркинсона

Для определения транскриптомного профиля медиальной и латеральной частей чёрной субстанции использовали ткань мозга пациентов со спорадической болезнью Паркинсона, клинические данные о которых были подробно документированы, а диагноз подтверждён нейропатологически. Кроме того, у части этих пациентов исследовали верхнюю лобную кору. Применяли олигонуклеотидные ДНК-микрочипы, охватывающие весь геном человека. Выявлено 570 генов со статистически значимыми различиями в регуляции экспрессии, а также большое число маркеров экспрессируемых последовательностей (EST) с различиями в экспрессии. Уровни мРНК генов, представлявших особый интерес, подтвердили методом количественной ПЦР в реальном времени. При сравнении трёх методов нормализации наиболее точное соответствие результатам ПЦР в реальном времени показал алгоритм GeneChip Robust Multi Array, опубликованный незадолго до этого. Описаны несколько новых генов-кандидатов, локализованных в локусах PARK. Кроме того, обсуждается роль шаперонов семейства DNAJ в патогенезе болезни Паркинсона.