Быстрый и простой метод очистки нуклеиновых кислот

Мы разработали простой, быстрый и надежный протокол маломасштабной очистки ДНК и РНК, например из сыворотки крови человека и мочи. Метод основан на лизирующих свойствах и свойстве хаотропного агента роданида гуанидиния инактивировать нуклеазы в сочетании со способностью частиц кремнезема или диатомовых водорослей связывать нуклеиновые кислоты в присутствии этого агента. При использовании кремнеземных частиц, фракционированных по размеру, нуклеиновые кислоты (ковалентно замкнутая кольцевая, релаксированная кольцевая и линейная двуцепочечная ДНК; одноцепочечная ДНК; а также рРНК) удавалось очищать из 12 различных образцов менее чем за 1 час, при этом они оставались в исходной реакционной пробирке. Очищенная ДНК, хотя и была значительно фрагментирована, служила хорошим субстратом для рестрикционных эндонуклеаз и ДНК-лигазы и выделялась с высоким выходом, обычно более 50%, в диапазоне от пикограмм до микрограмм. Совместно очищенная рРНК выделялась практически без деградации. Замена диатомовых водорослей (окаменевших клеточных стенок одноклеточных водорослей) на кремнеземные частицы, фракционированные по размеру, позволила очищать микрограммовые количества геномной ДНК, плазмидной ДНК и рРНК из материалов, богатых клетками, что продемонстрировано на примере патогенных грамотрицательных бактерий. В статье представлены репрезентативные эксперименты, иллюстрирующие некоторые характеристики процедуры, которая может иметь широкое применение в клинической микробиологии.