Оптимизация выбора родительских форм для построения генетических карт сцепления

Генетические карты сцепления, построенные на основе полиморфизма длины рестрикционных фрагментов, полезны для решения многих задач, однако для разных целей требуются разные популяции. Клоны, включённые в карту сцепления, впоследствии используют в качестве зондов при анализе популяций, созданных для специальных задач, например для маркирования генов. Поэтому клоны исходной карты должны быть полиморфны у широкого круга генотипов, чтобы обеспечить максимальную полезность карты. Целью исследования было (i) рассчитать значения информационного содержания полиморфизма для 51 низкокопийного клона ДНК и (ii) использовать полученные значения для выбора потенциальных родительских форм. Информационное содержание полиморфизма рассчитывали по показателю генного разнообразия, классифицируя профили рестрикционных фрагментов у 18 генотипов пшеницы. Сочетания потенциальных родительских форм сравнивали по доле полиморфных клонов и вероятности того, что эти клоны при использовании в других популяциях выявят полиморфизм. Были выявлены пары генотипов, позволявшие картировать более информативные клоны ДНК, чем популяция, полученная от наиболее полиморфных потенциальных родительских форм. Методы характеристики клонов и ранжирования потенциальных родительских форм применимы также к другим видам и типам маркеров.