Оценка бактериального разнообразия в фекалиях крупного рогатого скота с использованием 16S rDNA-бактериального тег-энкодированного FLX-ампликонного пиросеквенирования (bTEFAP)

Введение: Микробиота кишечника животных играет важную роль в их общем состоянии здоровья, продуктивности и благополучии. Однако сведений о микробном разнообразии в кишечнике сельскохозяйственных животных, таких как крупный рогатый скот, по-прежнему мало. Основная причина дефицита данных связана с высокой стоимостью методов, необходимых для их получения. В настоящем исследовании был использован подход бактериального тег-энкодированного FLX 16S rDNA-ампликонного пиросеквенирования (bTEFAP), позволяющий проводить анализ разнообразия популяций в желудочно-кишечном тракте. Метод bTEFAP относительно недорог как по времени, так и по трудозатратам благодаря новому методу праймирования с тегами и эффективному биоинформационному конвейеру. Мы оценили микробиом фекалий 20 коммерческих дойных коров.

Результаты: В фекалиях крупного рогатого скота были выявлены повсеместно распространённые бактерии, включая Clostridium, Bacteroides, Porphyromonas, Ruminococcus, Alistipes, Lachnospiraceae, Prevotella, Lachnospira, Enterococcus, Oscillospira, Cytophaga, Anaerotruncus и Acidaminococcus spp. У ряда животных были обнаружены пищевые патогенные бактерии; в общей сложности у 4 коров выявлена положительная реакция на Salmonella spp. (предположительно enterica), а у 6 коров — на Campylobacter spp. (предположительно lanienae).

Выводы: С помощью bTEFAP мы изучили микробиоту фекалий крупного рогатого скота. По мере совершенствования этих методов мы сможем лучше понять экологию основных бактериальных популяций нижних отделов кишечника. Это, в свою очередь, позволит лучше понять, каким образом кишечный микробиом влияет на здоровье, продуктивность и благополучие животных.