PrognoScan: новая база данных для метаанализа прогностической значимости генов

Введение: В онкологических исследованиях связь между экспрессией гена и клиническим исходом может указывать на этиологию заболевания и служить основанием для дальнейших исследований. Появление общедоступных наборов данных микрочипового анализа опухолей с клинической аннотацией позволяет сопоставлять экспрессию генов с прогнозом. Однако без эффективной аналитической платформы эти данные трудно находить и анализировать.

Описание: Для полноценного использования общедоступных ресурсов создана база данных PrognoScan. Она включает обширную коллекцию общедоступных наборов данных микрочипового анализа опухолей с клинической аннотацией, а также инструмент для оценки связи между экспрессией генов и прогнозом. В PrognoScan применяется подход минимального значения P: для анализа выживаемости он позволяет разделить пациентов, определив оптимальное пороговое значение экспрессии гена без предварительных биологических знаний или предположений. Это даёт возможность систематически проводить метаанализ нескольких наборов данных.

Выводы: PrognoScan — мощная платформа для оценки потенциальных опухолевых маркеров и терапевтических мишеней, способная ускорить онкологические исследования. База данных доступна по адресу http://gibk21.bse.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html.